绝大多数酸奶中都含有嗜热链球菌，这种菌属于革兰氏阳性菌，不仅对身体有增强免疫力等诸多益处，而且在酸奶的生成中也能起到较大的作用，这种菌可以生成一种能够分解牛奶中乳糖的酶，并且能够产生一种多糖，使得酸奶更加粘稠与更易于凝固，所以在工业生产中很受欢迎。保加利亚菌也常常出现在酸奶的宣传中，其实这也只是一种乳酸菌，它可以将乳糖分解生成葡萄糖与半乳糖，进而生成乳酸增添酸奶的风味与质感，不仅如此，它还可以分解牛奶中一些大分子的蛋白质，生成更容易被人体吸收的氨基酸。除此之外，双歧杆菌也常常出现在酸奶的包装上，这种菌可以通过磷蛋白磷酸酶分解α-酪蛋白，生成更易被被人体吸收的氨基酸，受到很多消费者的青睐。